Początki Zespołu sięgają lat 60-tych, w których ówczesny Kierownik Katedry Fizyki I, wchodzącej w skład Wydziału Metalurgicznego, Prof. Ludwik Kozłowski zatrudnił m.in. Lidię Maksymowicz, Mieczysława Jachimowskiego i Edwarda Leję, powierzając im, oprócz obowiązków dydaktycznych, organizację laboratoriów badawczych i technologicznych w dziedzinie cienkich warstw magnetycznych i półprzewodnikowych. W ten sposób do końca lat 60-tych zbudowano próżniowe urządzenia do nanoszenia cienkich warstw metodą termicznego odparowania i jonowego rozpylania stałoprądowego (DC) i z zastosowaniem częstotliwości radiowej (RF), oraz zorganizowano  laboratoria do badań właściwości cienkich warstw magnetycznych i półprzewodnikowych. Podjęto także współpracę z przedsiębiorstwami przemysłowymi w zakresie zastosowań cienkich warstw, która zaowocowała kilkunastoma wdrożeniami w latach 70-tych i późniejszych.

     W 1986 roku, po zatwierdzeniu stopni naukowych dr hab. nauk technicznych Edwarda Lei i Mieczysława Jachimowskiego, Rektor AGH, celem kadrowego wzmocnienia Instytutu Elektroniki, podjął decyzję o etatyzacji w/w na stanowiskach docenta w Instytucie Elektroniki oraz przeniesieniu na etaty do tego Instytutu pracowników tworzących zespoły naukowe kierowane przez w/w. Równocześnie decyzją Rektora dla nowej jednostki przyznano pomieszczenia III piętra w pawilonie C-1, zwolnione przez Instytut Fizyki i Techniki Jądrowej, do których przeniesiono większość aparatury technologicznej i pomiarowej. Nowa jednostka organizacyjna przyjęła nazwę Zakład Fizyki i Technologii Elektronowej, a na kierownika został powołany doc. dr hab. Edward Leja.

     W 1988 r. do Zakładu Fizyki i Technologii Elektronowej dołączył także zespół naukowy cienkich warstw magnetycznych, kierowany przez doc. dr hab. Lidię Maksymowicz (wówczas pozostający w strukturze Zakładu Fizyki Ciała Stałego Instytutu Metalurgii), wzmacniając Zakład zarówno w kadrę (doc. dr hab. Tomasz Stobiecki), jak i aparaturę technologiczną i pomiarową.
Po reorganizacji Wydziału EAiE, w wyniku której Instytuty w większości przekształcone zostaly w Katedry, Zakład Fizyki i Technologii Elektronowej utracił wprawdzie samodzielność organizacyjną, lecz zachował ją w zakresie badań naukowych i dydaktyki oraz dysponowania środkami finansowymi wynikającymi z przyjętych w uczelni algorytmów. Dawny Zakład Fizyki i Technologii Elektronowej tworzy w Katedrze Elektroniki nieformalną jednostkę organizacyjną pod nazwą Zespół Fizyki i Technologii Elektronowej, która to nazwa odpowiada obszarowi działalności naukowej i dydaktycznej Zespołu. Kierownikiem tego Zespołu w ramach Katedry jest nadal dr hab. Edward Leja, prof. AGH.